こんにちは、ご投稿ありがとうございます。
弊社デモサイト https://demo2.fe-advanced-search.com/ で確認しましたが、問題なく6階層まで表示されております（地域で探す→ 関東/東京都/23区/新宿区/福生/江戸 …仮なのでありえない設定ですが）。
「登録件数が0件のカテゴリ/タームは表示しない」にチェックが入っていると、0件のカテゴリより下層のカテゴリは表示されません。チェックが入ってない場合は、階層がある分、すべて表示されます。
もしよろしければ、別途メール/チャット等でログイン情報を共有いただければ確認させていただきます。
FirstElement 宮澤
