どんぐり様、ご質問ありがとうございます。
現在のバージョン（v1.8.4）では、設定画面から直接inputタグにclassを追記する方法はありませんが、jQueryで動的に追記することは可能と思います。
例）フォームID=0の3番目の検索項目にtestというclassを追記
<script>
jQuery('input#feas_0_2').addClass('test');
</script>
上記コードをbody閉じタグ手前などに記述いただけば機能すると思います。
なお、将来のリリースにおいて各種アクションフック/フィルターフックを実装していく予定ですので、例えばテーマのfunctions.phpに記述することでjQuery等に頼らずclassやhtmlタグなど静的に追記できるようになる予定です。
